Perhatian Yayasan Nirunabi kepada kelompok marginal tercurahkan dalam bentuk pembinaan spiritual keagamaan yang berkelanjutan. Sasaran program ini ialah diri sendiri, lingkungan masyarakat, khususnya kaum marginal. Kami mengambil spesifikasi pelaksanaa program dakwah dan pembinaan pada Lembaga Pemasyarakatan, Rumah Tahanan, Kampung Pemulung, Kawasan Penggusuran dan Pengungsian serta kelompok marginal lainnya. Setiap titik program dinamakan sebagai Madrasah, dan setiap penerima manfaat di sebut sebagai santri.

Sebagai Lembaga Sosial Keagamaan , Yayasan Nirunabi peduli terhadap kehidupan narapidana dan masyarakat marginal melalui program pemberdayaan ekonomi. Yayasan Nirunabi fokus untuk membenahi nasib para mantan warga binaan (Napi) yang sudah hijrah, membersamai sebelum bebas dari masa tahanan, dan menyiapkan para mantan warga binaan untuk berdaya secara ekonomi sehingga kehidupan mereka jauh lebih baik melalui pendampingan yang komperhensif bersama Yayasan Nirunabi. Selain itu, Yayasan Nirunabi juga mendampingi masyarakat miskin di perkotaan, wilayah pesisir, daerah termarjinalkan, serta para Mustahiq lainnya melalui program pemberdayaan ekonomi masyarakat. Hal ini dilakukan agar masyarakat lebih berdaya secara ekonomi, dari yang sebelumnya mustahiq menjadi muzaqi.

Untuk mengoptimalkan dana yang berasal dari dana ziswaf, Yayasan Nirunabi memiliki program pendayagunaan yang dimasukkan kedalam 8 kelompok Asnaf yaitu Fakir, miskin, Amil Zakat, Muallaf, Riqab, Gharimin, Fii Sabilillah, dan Ibnu Sabil.